El 3 de febrero de 1989 se produjo el golpe de Estado protagonizado por el general Andrés Rodríguez contra el dictador Alfredo Stroessner. Con él terminaba la más larga dictadura paraguaya y de toda América Latina. Tras disolver el Parlamento, el general Rodríguez convocó a elecciones para el 1 de mayo y anunció la legalización de todos los partidos, exceptuando el comunista.

El 1 de mayo de 1989, el candidato del Partido Colorado, el presidente Andrés Rodríguez, consiguió el 74,1% de los votos en la elección presidencial. En cuanto a la elección para diputados y senadores, el Partido Colorado alcanzó el 66,4% (mayoría de 2/3). En 1992 vieron la luz los trabajos de la Convención de Diputados Constituyentes, surgida de las elecciones celebradas un año antes. Ello permitió la sanción y entrada en vigor de la nueva Constitución. En 1993 se celebraron nuevos comicios presidenciales, en los que también triunfó el candidato del Partido Colorado, Juan Carlos Wasmosy, que se convirtió en el primer civil en llegar a la jefatura del Estado tras cuarenta años de gobiernos militares.

Este hecho no resultó particularmente favorable a los destinos de la República, el gobierno Wasmosy se reveló uno de los peores de la historia paraguaya. Durante su mandato hubo dos graves crisis financieras, en 1995 y 1997 que eliminaron del mercado casi la totalidad de las empresas financieras locales, sobreviviendo solo las entidades financieras de origen extranjero. La crisis también afectó duramente a la clase media paraguaya y activó una crisis económica de la cual el país todavía no ha salido.

Conjuntamente a los malos resultados en campo económico también se vieron afectados los alcances obtenidos después el golpe del 1989 en campo político. El enfrentamiento de Wasmpsy con su principal promotor político, el general Lino Oviedo, jefe de las Fuerzas Armadas, que acusó de querer encabezar un golpe en contra él, le quebró aún más el apoyo del Partido Colorado y desató una crisis político-judicial de la cual el país salió solamente en 1999 con la renuncia del presidente Cubas.

En 1996 Wasmosy alejó del ejército al Gral. Oviedo bajo la acusación de querer encabezar un golpe en su contra, y en 1997, después che Oviedo ganara la interna presidenciales del Partido Colorado lo hizo encarcelar y enjuiciar por un tribunal Militar por el mismo crimen.

La Condena de Oviedo lo inhabilitó para las elecciones presidenciales del 1998 y en su lugar se candidató Raúl Cubas, su delfín político. vicepresidente fue designado el Dr. Argaña, rival político de Oviedo y en aquel entonces aliado de Wasmosy.

Cubas gracias al apoyo de Oviedo, en aquel entonces muy popular, le ganó a la oposición liberal-encuentrista con el 56% de los votos y tres días después de haber asumido el cargo presidencial indultó Oviedo librándolo de la cárcel.

Los colorados argañistas y wasmosistas y los partidos de oposición contestaron fuertemente el hecho y obtuvieron a través de la Corte Suprema una anulación del indulto que Cubas no atacó.

Este hecho provocó un pedido de enjuiciamiento político del mismo delante del Congreso que por muchos meses, por falta de quórum no prosperó.

En el marzo de 1999 la tensa situación política se complicó aún más, el vicepresidente Argaña fue asesinado y la oposición inculpó del hecho al Gral. Oviedo. La plaza del Congreso se llenó de manifestantes en contra del gobierno mientras el Juicio político en contra de Cubas retomaba vigor.

El 26 de marzo de 1999 la protesta degeneró en violencia y siete manifestantes fueron acabados a tiros por desconocidos (supuestamente francotiradores oviedistas o más bien policías), la protesta se volvió más candente y dos días después Cubas renunció a la presidencia y se fue en exilio a Brasil. El mismo día Oviedo escapó en Argentina donde obtuvo asilo político.

Luis González Macchi, presidente del Congreso, la misma noche juró como nuevo Presidente de la República del Paraguay.